ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี เป็นสถาบันแห่งแรกของประเทศไทย ที่เปิดสอนหลักสูตรทางด้านวิชาชีพ การเดินเรือเริ่มเปิดสอนครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2514 ปัจจุบัน เปิดดำเนินการเรียนการสอน ตามหลักสูตรการศึกษาดังนี้

หลักสูตรการศึกษา
แบ่งย่อยออกเป็น 3 หลักสูตร คือ
  1.   หลักสูตรนักเรียนเดินเรือพาณิชย์ (หลักสูตรปกติ) 5 ปี สำหรับผู้ที่จบการศึกษามัธยมศึกษาปีที่ 6
  2.   หลักสูตรนักเรียนเดินเรือพาณิชย์ (หลักสูตรพิเศษ) 3 ปี สำหรับผู้ที่จบการศึกษา ระดับ ปวส.
  3.   หลักสูตรนักเรียนเดินเรือพาณิชย์ (หลักสูตรเร่งรัด) 2.5 ปี สำหรับผู้ที่จบการศึกษา ไม่ต่ำกว่าระดับปริญญาตรี
นอกจากนี้ทางศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี เปิดให้บริการหลักสูตรฝึกอบรมแก่เจ้าหน้าที่หรือผู้ที่ต้องทำงาน (ปฏิบัติงาน) ทางด้านพาณิชย์นาวี ซึ่งแบ่งหลักสูตรออกเป็น 2 ประเภทคือ
  1.   การฝึกอบรมหลักสูตรนายประจำเรือ
  2.   การฝึกอบรมหลักสูตรทั่วไปทั่วไป