ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี มีหน้าที่และความรับผิดชอบในการผลิตคนประจำเรือทุกระดับชั้นให้เพียงพอกับความต้องการของตลาดแรงงาน เพื่อสนับสนุนกิจการพาณิชย์นาวีของประเทศ ตลอดจนพัฒนา ฝึกอบรม เพื่อเพิ่มวิทยฐานะคนประจำเรือทุกระดับชั้นให้ได้มาตรฐานสากลสอดคล้องกับข้อกำหนดในอนุสัญญาว่าด้วยมาตรฐานการฝึกอบรม การออกประกาศนียบัตรและการปฏิบัติหน้าที่ยามในเรือของคนประจำเรือ ค.ศ. 1978 และแก้ไขเพิ่มเติม ค.ศ. 1995 (International Convention on Standards of Training, Certification and Watchkeeping for Seafarers 1978, as amended in 1995 : STCW 95) ขององค์การทะเลโลก (International Maritime Organization : IMO) และข้อบังคับกรมเจ้าท่าว่าด้วยการฝึกอบรมการสอบความรู้ และการออกประกาศนียบัตรผู้ทำการในเรือ พ.ศ. 2541 และข้อบังคับกรมเจ้าท่าว่าด้วยการฝึกอบรมการสอบความรู้ และการออกประกาศนียบัตรผู้ทำการในเรือ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2542